2032, les gens sont reliés au réseau informatique et sont des cyborgs, la plupart des parties de leurs corps ont été remplacées par des machines.
Batou, détective dans une agence gouvernementale, est chargé de la lutte anti-terroristes. Il est lui aussi un cyborg, la plupart des parties de son corps ont été remplacées et sont devenues artificielles, seuls son cerveau et le souvenir d'une femme, Mokoto, sont restés intactes.
Un jour, un robot de type fille perd le contrôle et tue son propriétaire. Comment une telle chose a-t-elle pu se produire ? Les robots sont faits pour obéir à l'homme.
Batou et un dénommé Togusa sont chargés de l'affaire. C'est alors qu'un mystérieux pirate informatique vient perturber l'enquête en attaquant le cerveau de Batou.
Tant bien que mal, il va progressivement découvrir la vérité...

Remarque: A la base, GITS est un film à grand succès sorti en 1995 sous le nom de Kokaku Kidotai.
Plusieurs séries de 26 épisodes firent ensuite leurs apparitions : Stand Alone Complex et Tachikoma Special en 2002, Stand Alone Complex 2nd GIG en 2003.
A noter aussi la sortie de plusieurs jeux : un jeu sur PS1 (GITS) comprenant des OAV inédites dessinées par Masamune Shirow lui-même et un jeu sur PS2 (GITS : SAC) sortit le 29 avril dernier en Europe. Une adaptation de GITS SAC est prévue prochainement sur PSP.