La guerre fait des ravages au Japon, empêchant les citoyens de vivre une vie normale.
Pour riposter face à l'ennemi, l'armée a utilisé Chise et en a fait une arme, l'"arme ultime". Mais Chise souffre du fait qu'elle ait été transformée contre sa volonté et pense à Shûji, son petit ami, alors que l'armée continue à l'envoyer sur les champs de bataille.
Simple étudiante, elle doit faire face à des obligations militaires, combattre, tuer ainsi qu'au Lieutenant Mizuki, une militaire qui a choisi d'être transformée en arme. Mizuki et Chise étant toutes deux des armes ultimes, elles sont étroitement liées.
Ainsi, Mizuki connait exactement les pensées de Chise lorsqu'elle combat mais étant une militaire, elle n'admet pas la façon dont agit Chise...
Alors que Mizuki a choisit son destin, Chise, elle, aspire à une toute autre vie...

Remarque: Les OAVs sont tirées d'une magnifique série de 13 épisodes disponible chez Déclic Images.
L'arme ultime fut aussi adaptée en jeu sur PS2 en Mai 2003 (import bien sûr), le jeu comportant des scènes assez violentes fut interdit au moins de 15 ans à sa sortie.